1. उच्च उत्पादन लागत: वर्तमानमा हाइड्रोजनको उत्पादन लागत तुलनात्मक रूपमा उच्च छ, मुख्यतया पानीको इलेक्ट्रोलाइज गर्न वा प्राकृतिक ग्यासबाट हाइड्रोजन निकाल्न ठूलो मात्रामा बिजुली चाहिन्छ। एकै समयमा, हाइड्रोजन को भण्डारण र ढुवानी पनि लागत को एक निश्चित मात्रा आवश्यक छ।
2. भण्डारण र ढुवानीमा कठिनाइ: हाइड्रोजन एक धेरै थोरै ग्यास हो जसलाई भण्डारण र ढुवानीको लागि उच्च दबाव वा कम तापक्रम चाहिन्छ, र हाइड्रोजनको चुहावटले वातावरणलाई पनि निश्चित हानि पुर्‍याउँछ।
3. उच्च सुरक्षा जोखिम: हाइड्रोजन एक अत्यन्त ज्वलनशील ग्यास हो। यदि भण्डारण, ढुवानी, भरिने वा प्रयोग गर्दा चुहावट वा दुर्घटना भयो भने, यसले गम्भीर सुरक्षा दुर्घटनाहरू निम्त्याउन सक्छ।
4. अपर्याप्त बजार माग: हाल हाइड्रोजन ऊर्जाको प्रयोगको दायरा अपेक्षाकृत साँघुरो छ, मुख्यतया यातायात, औद्योगिक उत्पादन, ऊर्जा भण्डारण र अन्य क्षेत्रहरूमा प्रयोग गरिन्छ, र बजार माग अपेक्षाकृत कम छ।