हाइड्रोजन के पास हैउपयुक्त परिस्थितियों में शरीर पर कोई सीधा हानिकारक प्रभाव नहीं पड़ता।
हाइड्रोजन एक रंगहीन, गंधहीन, गैर विषैली गैस है। सामान्य परिस्थितियों में, मानव शरीर मध्यम मात्रा में हाइड्रोजन के संपर्क में रहता है और इससे शरीर पर हानिकारक प्रभाव नहीं पड़ेगा। वास्तव में, हाइड्रोजन का उपयोग चिकित्सा और विज्ञान में व्यापक रूप से किया जाता है, उदाहरण के लिए, कुछ बीमारियों के इलाज के लिए हाइड्रोजन का उपयोग चिकित्सा गैस के रूप में किया जा सकता है।
यह ध्यान दिया जाना चाहिए कि यदि हाइड्रोजन सांद्रता बहुत अधिक है और सामान्य सीमा से अधिक है, या विशेष वातावरण में, जैसे बंद स्थान में उच्च सांद्रता वाले हाइड्रोजन का रिसाव, तो यह शरीर के लिए खतरा पैदा कर सकता है। हाइड्रोजन की उच्च सांद्रता से दम घुटने और हाइपोक्सिया जैसी खतरनाक स्थितियाँ पैदा हो सकती हैं। इसलिए, हाइड्रोजन का उपयोग करते समय या ऐसे वातावरण में जहां हाइड्रोजन का रिसाव हो सकता है, सुरक्षित उपयोग सुनिश्चित करने के लिए हाइड्रोजन की सांद्रता को सख्ती से नियंत्रित करना आवश्यक है।