1. ከፍተኛ የማምረቻ ዋጋ፡- በአሁኑ ወቅት የሃይድሮጅን የማምረት ዋጋ በአንፃራዊነት ከፍተኛ ነው፣በዋነኛነት ውሃ ኤሌክትሮላይዝ ለማድረግ ወይም ሃይድሮጂንን ከተፈጥሮ ጋዝ ለማውጣት ከፍተኛ መጠን ያለው ኤሌክትሪክ ስለሚያስፈልግ ነው። በተመሳሳይ ጊዜ የሃይድሮጅን ማከማቻ እና ማጓጓዝ የተወሰነ ወጪ ይጠይቃል.
2. የማከማቻ እና የመጓጓዣ ችግር፡- ሃይድሮጅን ለመጋዘን እና ለማጓጓዝ ከፍተኛ ግፊት ወይም ዝቅተኛ የሙቀት መጠን የሚጠይቅ በጣም ትንሽ ጋዝ ሲሆን የሃይድሮጂን መፍሰስም በአካባቢው ላይ የተወሰነ ጉዳት ያስከትላል።
3. ከፍተኛ የደህንነት ስጋት፡- ሃይድሮጅን እጅግ በጣም ተቀጣጣይ ጋዝ ነው። በማጠራቀሚያ፣ በማጓጓዝ፣ በመሙላት ወይም በአጠቃቀም ጊዜ ፍሳሽ ወይም አደጋ ካለ ከባድ የደህንነት አደጋዎችን ሊያስከትል ይችላል።
4. በቂ ያልሆነ የገበያ ፍላጎት፡- በአሁኑ ጊዜ የሃይድሮጅን ኢነርጂ አጠቃቀም ወሰን በአንፃራዊነት ጠባብ ሲሆን በዋናነት በትራንስፖርት፣ በኢንዱስትሪ ምርት፣ በሃይል ማከማቻ እና በሌሎችም መስኮች ጥቅም ላይ የሚውል ሲሆን የገበያው ፍላጎት በአንፃራዊነት ዝቅተኛ ነው።